会話の内容や使用量はどちらも共通です。デスクトップアプリでは、ブラウザ版の機能に加えて、Macのクイック入力（Optionキー2回で呼び出し）、デスクトップ拡張（ローカルMCP）、Codeタブ（Claude Code）、Claudeにパソコンを操作させる機能（ベータ）など、アプリならではの機能が使えます。
どちらを選ぶ？
- 自分のパソコンで毎日使うなら → デスクトップアプリ
- 会社や学校の共有パソコン、ちょっと使うだけなら → ブラウザ版（使い終わったらログアウト）
利用状況はどちらも同じ使用量の上限から引かれます（使用量の制限とは？（5時間制限・週の制限））。
出典・参考：Claudeヘルプセンター「Install Claude Desktop」、Claudeヘルプセンター「Use quick entry with Claude Desktop on Mac」、Claudeヘルプセンター「Getting Started with Local MCP Servers on Claude Desktop」、Claudeヘルプセンター「Let Claude use your computer in Cowork」（2026年11月時点で確認）